沿革
一、籌備起點：以外交檔案奠基
1955 年，中央研究院成立近代史研究所籌備處，首任籌備處主任郭廷以先生即高度重視第一手原始史料的蒐集。籌備之際，近史所即與外交部洽商，接收清季總理各國事務衙門、外務部及民國北洋政府外交部等重要外交檔案，為本館檔案徵集與典藏奠定基礎。
二、制度建立：檔案整理與研究並進
為妥善保存與整理所接收之檔案，近史所於 1958 年正式設立檔案室，展開有系統的檔案整編與保存工作。1965 年 4 月，近代史研究所正式成立，研究工作與檔案整理相互結合。早期研究人員多自檔案整理與史料彙編著手，進而利用檔案撰寫學術論文與專書，逐步建立近代史研究的學術基礎。
三、典藏拓展：由外交走向經濟
1966 年起，近史所陸續自經濟部接收清末至民國時期商部、農商部、實業部、經濟部等機關檔案，使館藏內容由外交領域擴展至經濟部門，典藏範圍與結構日益完整，亦為研究近代國家治理與經濟發展提供關鍵史料。
四、館舍啟用：專業化發展的重要里程碑
隨著典藏規模與學術需求持續成長，在近史所所長呂實強先生任內積極爭取下，檔案館於 1988 年啟用新館舍，設有回型庫房、閱覽室、檔案整理室與會議室，提供更完善的保存環境與研究空間，標誌本館邁入專業化與制度化發展的新階段。
五、典藏來源多元化：個人文書與院史資料併入
1996 年起，原屬近史所圖書館之個人資料室檔案移交檔案館管理，1999 年院史資料室亦併入本館。其後並陸續接收學者個人文書與機關團體捐贈資料，逐步形塑除官方檔案外，另一重要且多元的典藏來源。
六、合作與轉型：邁向數位時代
近年來，本館持續與院內外機構深化合作，如與國史館、國防大學、國防部軍事新聞通訊社及法務部調查局等公部門進行資料徵集與數位化合作，推動典藏資源之整合與開放，以回應研究方法與使用需求的轉變。
經由長期而持續的徵集、整理與制度化發展，本館逐步形塑完整的典藏體系與專業運作模式，呈現近代史研究與檔案工作相互形塑、相互支撐的組織歷程。