全國水利局

全國水利局檔案內容主要為各省水利會、特定的水利案件之人事與業務資料，及直隸、江蘇、東三省的水利資料

內務部

1906年 (光緒32年)，清政府新設民政部，至南京臨時政府成立，改稱內務部。本館內務部檔案僅限於內務部土木司中直隸一省水利資料

實業部

實業部檔案內容分為行政與業務兩大類，行政單位有總務、人事資料，業務單位含括林墾署、農業司、工業司、商業司等之資料

經濟部

1938年實業部改組為經濟部。經濟部檔案龐雜，可分行政與業務兩大類，而業務單位留有大量公、民營工、商、礦類公司行號基本資料

水利部

水利部檔案內容包含總務司、人事室、器材司等行政單位資料，及華北水利工程總局、海河工程局、中央水利實驗處等多項業務單位資料

農林部

農林部檔案內容包含一般行政單位、專業行政單位、委員會及事業機構等之資料。事業機構有農業、林業、漁業、畜牧、墾殖等類

資源委員會

資源委員會檔案內容，分為一般行政、服務研究單位及電業、煤礦石油、鋼鐵、礦業、機械、電器、化學、造紙、水泥及紡織等資料

建設委員會

1928年，建設委員會成立，為國民政府掌理全國建設計劃之機構。建設委員會檔案主要含括行政業務與農、礦、電業資料

行政院水利委員會

行政院水利委員會檔案內容包含秘書處、總務處、工務處、會計處、人事室等行政單位資料，另有導淮委員會等多項業務單位資料

全國經濟委員會

自國民政府成立以迄抗戰前，全國水利建設之檔卷，大致均匯集於經委會。除水利外，還有棉統會、蠶絲會等之農業資料，然數量稀少

外交部檔案

外交部已審查可開放檔案編排共分為六個層級：全宗為外交部；副全宗為各組、司之行政單位；地域司依國別，列為副副全宗；系列與副系列依外交部《95年版外交部檔案分類表》整編而成；最後一個層級為冊。國史館典藏外交部檔案編排依國史館原有分類。

國民政府外交部

1925年7月，國民政府成立於廣州，是中華民國訓政時期的中央政府機構與最高行政機關。近史所檔案館典藏的主要為1925至1948年的國民政府時期檔案。