水利部

水利部檔案內容包含總務司、人事室、器材司等行政單位資料，及華北水利工程總局、海河工程局、中央水利實驗處等多項業務單位資料

經濟部

1938年實業部改組為經濟部。經濟部檔案龐雜，可分行政與業務兩大類，而業務單位留有大量公、民營工、商、礦類公司行號基本資料

實業部

實業部檔案內容分為行政與業務兩大類，行政單位有總務、人事資料，業務單位含括林墾署、農業司、工業司、商業司等之資料

內務部

1906年 (光緒32年)，清政府新設民政部，至南京臨時政府成立，改稱內務部。本館內務部檔案僅限於內務部土木司中直隸一省水利資料

全國水利局

全國水利局檔案內容主要為各省水利會、特定的水利案件之人事與業務資料，及直隸、江蘇、東三省的水利資料

農商部

1913年，工商部與農林部合併為農商部。檔案內容主要為數省區的水利及礦務資料，其中礦業佔絕大多數，另有極少數的畜牧資料

工商部

工商部職掌工務、商務、礦務。工商部檔案內容以礦業為主，包含直隸、山東、湖北、四川等省的煤產及公司產權、資本額數等資料

農工商部

1906年，清廷將工部併入商部，改為農工商部。內容包含數省水利資料與礦務資料。水利資料為目前國內僅見之清代水利建設專業檔案

商部

1903年 (光緒29年) ，清廷設立商部，兼辦農工及鐵路事務。檔案以礦務檔案為主，含直隸、山東、河南、湖北四省煤、金礦產資料

經濟部地圖

經濟部地圖依性質分為全國地圖、各省地圖、水道地圖及世界地圖四大類，各類地圖測繪時間、測繪機關、印刷方式與圖幅大小皆不同，且有部分手繪原稿圖，極其珍貴。

北洋政府外交部

1912年，袁世凱將「外務部」改名為「外交部」。檔案內容依議題性質分為延聘洋員、庚子賠款、中俄關係、歐戰檔等48個系列

外交部地圖

外交部地圖依性質區分為區域圖、邊界圖、交通圖、世界地圖、其他等五大類，測繪時間、比例尺與圖幅大小皆有不同，測繪時間自1874年至1948年。