外交檔案包括清季總理各國事務衙門、外務部、民國北洋政府時期的外交部檔案，及國民政府以後之外交部檔案。資料涵蓋時間自1861年至1980年代，為研究近、現代中外關係最完整之史料。
各部會沿革，可參考：『近代外交、經濟部會沿革圖.pdf』

總理各國事務衙門

總理各國事務衙門為近代中國第一個正式外交機構。檔案內容依議題分為籌辦夷務始末、船政、教務、駐韓使館保存檔案等41個系列。

外務部

1901年 (光緒27年)，依辛丑和約，總理各國事務衙門改為外務部。檔案內容依議題性質分軍火、辛丑議約、澳門檔等37個系列

北洋政府外交部

1912年，袁世凱將「外務部」改名為「外交部」。檔案內容依議題性質分為延聘洋員、庚子賠款、中俄關係、歐戰檔等48個系列