中央研究院於1955年2月成立近代史研究所籌備處，1965年4月正式設所。籌備處主任並出任首任所長的郭廷以先生十分注重蒐集第一手的原始史料，在1955年即與外交部洽商，接收該部清季總理各國事務衙門、外務部、民國北洋政府外交部的珍貴檔案。1966年起，又自經濟部接收清末至民國的商部、農商部、實業部、經濟部等單位的檔案資料。1996年3月原屬近史所圖書館的個人資料室檔案移交檔案館，1999年3月近史所院史資料室合併於檔案館，日後又陸續接收個人及團體捐贈的資料，逐漸形成檔案館另一重要典藏。1985年起外交檔與經濟檔合併管理，檔案館並將編目完成的官方與民間檔案陸續開放使用，致使檔案與研究結合，培植了一批近代史研究人才，擴展了國內外中國近代史研究的風氣。截至2017年5月，館藏檔案的長度約為11,336公尺。

         近史所為保存、整編所接收的檔案，1958年12月設立檔案室，約27坪。其後空間逐漸擴充，1988年2月完成新型檔案館一座，佔地1,642坪，二樓至四樓設有回型庫房、讀者閱覽室及同仁工作室。同年，院方核准正式設館，設館主任一人，負責各項館務有關的行政事宜。歷任館主任為：黃福慶先生(1988-1994)、呂芳上先生(1994-1995)、楊翠華女士(1995-1998)、許雪姬女士(1998-2001)、張淑雅女士(2001-2003)、莊樹華女士(2003.4-2013.7)、劉素芬女士(2013.7-2013.12)、潘光哲先生(2014.1-2014.7)、游鑑明女士(2014.8-2015.1)、張哲嘉先生(2015.2-2019.7)、張寧女士(2019.8-)。

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